根据自然资源部办公厅《关于严守底线规范开展全域土地综合整治试点工作》，土地综合整治涉及耕地和永久基本农田调整的，严格执行耕地年度内“进出平衡”和永久基本农田“先补划后调整”的要求，对调出的耕地，应当在年度内落实“进出平衡”（选项 A 错误），并在部国土空间规划“一张图”系统中备案，涉及永久基本农田的，应当先补划后调整，并在部永久基本农田监测监管系统中上图入库。补划的耕地和永久基本农田应为可长期稳定利用的优质耕地，原则上不得超出原乡镇范围（选项 B 错误），乡镇范围内确实难以落实补划的，在县域范围内统筹安排。
土地综合整治应当分年度实施并开展阶段验收；整治任务全面完成后，开展整治项目整体验收。阶段验收和整体验收时，均应实测新增耕地和永久基本农田面积（选项 D 正确），并按相关规定严格把关，确保质量不降低。不得仅靠“图上作业”或以系数测算新增耕地和永久基本农田面积（选项 C 错误）。