根据《建设工程工程量清单计价规范》GB 50500—2013:
9.10.1 因不可抗力事件导致的人员伤亡、财产损失及其费用增加，发承包双方应按下列原则分别承担并调整合同价款和工期：
1. 合同工程本身的损害、因工程损害导致第三方人员伤亡和财产损失以及运至施工场地用于施工的材料和待安装的设备的损害，应由发包人承担；
2. 发包人、承包人人员伤亡应由其所在单位负责，并应承担相应费用；
3. 承包人的施工机械设备损坏及停工损失，应由承包人承担；
4. 停工期间，承包人应发包人要求留在施工场地的必要的管理人员及保卫人员的费用应由发包人承担；
5. 工程所需清理、修复费用，应由发包人承担。
因此，该项目应当被批复的补偿金额包括在建工程损失30万元及工程清理与修复费用6万元，合计36万元。选项D正确。